El topónimo de la villa de Santo Tomé tiene un significado evidente. El lugar es de fundación medieval, como denotan su nombre y la advocación de su templo parroquial primitivo. Desde sus orígenes Santo Tomé formó parte de la Comunidad de Villa y Tierra de Sepúlveda, estando dentro del ochavo de Castillejo.
Las referencias más abundantes que se encuentran sobre esta villa son las que hacen referencia a Santo Tomé como lugar de parada y fonda, puesto que por su termino municipal pasaba el antiguo Camino Real de Madrid-Bayona. Este trafico de viajeros y mercancías hizo  que en esta villa se establecieran posadas que daban cobijo y descanso a los viajeros y un pequeño convento regido por canónigos reglares.
La tradición transmitida de padres a hijos dice que en Santo Tomé se celebró la ultima batalla contra los moros que se habían quedado en Castilla y que dicha batalla tuvo lugar cerca del día y festividad de Santo Tomás, por eso se edificó una ermita que posteriormente se convirtió en convento. Según algunos cronistas en 1288 se fundo el convento de canónigos reglares de Santo Tomé de Segovilla, el convento recibiría el nombre de Segovilla por que fue dotado con rentas de una heredad de Sevilla. A lo largo de los siglos el convento ejerce una gran influencia en el desarrollo de la villa de Santo Tomé, siendo la venta Juanilla propiedad de dicho convento y lugar de paso de los viajeros. Esta venta era muy apreciada por los viajeros dada su amplitud y comodidad y debido a que se encontraba justo en las estribaciones de la sierra y permitía descansar justo antes de afrontar la dura etapa que representaba subir el puerto.
Durante la guerra contra los franceses, Santo Tomé fue junto con el pueblo  de Somosierra lugar de batalla, sobre las cumbres y en el pueblo de Somosierra se encontraban las tropas españolas, acantonadas tras las defensas y la artillería , en las faldas de la montaña y partiendo desde Santo Tomé se encontraban las tropas napoleónicas, en dicho lugar tuvo lugar la famosa batalla de Somosierra (1808).  

PROXIMIDADES

Frente a Santo Tomé y junto al aeródromo se encuentran los restos del convento de Segovilla, en la actualidad solo queda la torre, puesto que en torno a 1933 (con la II Republica) la parroquia que se encontraba en el convento es trasladada a la ermita de Villarejo, para ampliarla y remozarla se desmanteló el convento y se aprovechó sus piedras. En la actualidad se están haciendo intentos por restaurar y conservar la torre del convento.
A poco más de 5 Km. podemos ver la cascada que forma el río Duraton a escasos metros de su nacimiento, en la época de lluvias esta cascada puede llegar a ser espectacular.
 Pero no solo es la cascada la que llama la atención del excursionista sino también el paisaje que la rodea, en medio de la subida al puerto de Somosirra, rodeada de grandes piedras de granito y contemplando grandes pinares, todo ello invita a caminar y a disfrutar de la naturaleza.

Otra de las visitas obligadas cuando se esta en Santo Tomé, es el sabinar de Casla, Casla es un pueblo situado a escasos kilómetros y que pertenece al  termino municipal de Santo Tomé , en el podemos disfrutar viendo sabinas milenarias, un paseo por este sabinar nos permitirá ver como la naturaleza y el paso de los años han labrado los trocos de las sabinas dándoles formas caprichosas y sorprendentes, al verlo uno no puede sino pensar que ningún artista sería capaz de lograr formas tan retorcidas y a la vez tan hermosas.
  Muy cerca de la villa y del aeródromo se encuentra el encinar de Cerezo de Abajo, un lugar idóneo para pasear o para disfrutar de una agradable merienda campestre.  

En Santo Tomé del Puerto destaca sobre todo la torre del antiguo convento, según se llega al pueblo ya sea viniendo desde Madrid o desde Burgos, una de las primeras cosas que se ve es la torre.

Este convento al cual ya hemos hecho referencia antes, data del Siglo X, pero es el 13 de agosto de 1192, , cuando el rey Alfonso VIII confirma al monasterio de Santo Tomé las propiedades adquiridas en Sepúlveda y otros lugares. A lo largo de los siglos este convento aparece en los escritos de los cronistas por diversos motivos, destacando en 1573 una bula papal de Gregorio XIII en la cual a petición de Felipe II se aneja el priorato (desde 1412 y debido al descontento de las autoridades eclesiásticas con los canónigos reglares pasa a ser de abadía a priorato), al monasterio de San Lorenzo de El Escorial.